Naczelny Sąd Administracyjny w dniu 19 lutego 2020 r. (sygn. akt I FSK 2243/19) uchylił wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 15 maja 2019 r. (sygn. akt III SA/Wa 139/19), zgodnie z którym, kontrola podatkowa nie musi trwać w systemie ciągłym i stwierdził, że limity trwania kontroli podatkowej wyznaczają liczbę następujących po sobie dni roboczych, w ciągu których kontrola powinna zostać zakończona.

Dotychczas w praktyce organów podatkowych i sądów administracyjnych dominował pogląd przeciwny, zgodnie z którym, do dni kontroli należało zaliczyć tylko te dni, w których pracownicy kontrolującego organu faktycznie przebywali w siedzibie przedsiębiorcy lub wykonywali czynności we wskazanym przez niego miejscu. np. siedzibie organu podatkowego. W praktyce, od momentu wszczęcia kontroli podatkowej do jej zakończenia mogło upłynąć od kilku do kilkunastu miesięcy. Podobne stanowisko zajął we wspomnianym wyroku WSA w Warszawie.

Wyrok NSA jest odejściem od dotychczasowego podejścia w zakresie liczenia terminów prowadzenia kontroli podatkowej. NSA postawił sprawę jasno: rozpoczęciem kontroli jest moment doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli, zaś końcem dzień wręczenia protokołu kontroli i organy mają na to od 12 do 48 kolejnych dni roboczych (w zależności od wielkości przedsiębiorstwa). Wprawdzie wyrok NSA został wydany w oparciu o nieobowiązującą już ustawę o swobodzie działalności gospodarczej, to wykładnia NSA może być również przełożona na przepisy o limitach trwania kontroli w ustawie Prawo przedsiębiorców.

Konsekwencją przyjęcia stanowiska NSA będzie konieczność szybkiego prowadzenia postępowania kontrolnego, bowiem przedsiębiorcy przysługiwać będzie ochrona ze względu na przewlekłość prowadzonych czynności kontrolnych (sprzeciw wobec czynności kontrolnych). Przekroczenie ustawowych terminów przez organy może, w razie sprzeciwu przedsiębiorcy, skutkować koniecznością wydania postanowienia o odstąpieniu od czynności kontrolnych.