Mimo, że podatnik w toku postępowania dotyczącego stwierdzenia nadpłaty zostaje wezwany przez organ do wyjaśnienia dodatkowych kwestii, nie oznacza to automatycznie, że przyczynił się on do niewydania decyzji w terminie.

Taki wniosek wynika z jednego z najnowszych wyroków WSA w Warszawie (III SA/Wa 3736/17), wydanego w sprawie prowadzonej przez Crido. Sąd rozpatrywał w niej sytuację podatnika, który złożył wniosek o stwierdzenie nadpłaty w CIT. Organ podatkowy zaakceptował argumentację wnioskodawcy, wydał decyzję stwierdzającą nadpłatę podatku i zwrócił mu nienależnie pobrany podatek.

Decyzja została jednak wydana kilka miesięcy po upływie 2-miesięcznego terminu, co zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej (art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) powoduje, że kwota nadpłaty powinna być oprocentowana. W związku z tym podatnik wystąpił do organu o zwrot brakującej kwoty.

Tym razem jednak organy podatkowe (obu instancji) nie podzieliły stanowiska wnioskodawcy i stwierdziły, że oprocentowanie mu nie przysługuje ponieważ to podatnik przyczynił się do tego, że decyzja nie została wydana w terminie. Jednym z koronnych argumentów organów było to, że podatnik w toku postępowania był kilkukrotnie wzywany do wyjaśnienia i udowodnienia pewnych, szczegółowych kwestii, związanych z przedmiotem sprawy. Organy uważały natomiast, że wszystkie te kwestie powinny być wyjaśnione od razu, wraz z wnioskiem nadpłatowym.

WSA w Warszawie stanął w tej sprawie po stronie podatnika. Sąd zauważył m.in., że to organ podatkowy jest gospodarzem postępowania i on powinien prowadzić go w taki sposób, żeby zdążyć z wydaniem decyzji w terminie. Dodatkowo WSA zwrócił uwagę, że skoro podatnik odpowiadał na wezwania szybko, przedkładając wymaganą przez organ podatkowy dokumentację, nie można powiedzieć, że to podatnik przyczynił się do opóźnienia w zamknięciu sprawy.

Wyrok ten jest bardzo ważny z perspektywy wszelkich sporów dotyczących zwrotu podatnikowi nienależnie zapłaconego podatku. W znacznej liczbie sytuacji postępowania prowadzone są przez wiele miesięcy, czy nawet lat. W ciągu całego tego czasu organy dysponują środkami finansowymi podatników, którzy następnie w istocie nie otrzymują z tego tytułu żadnej rekompensaty.

Szczegółową argumentację Sądu poznamy z uzasadnienia pisemnego. Na dzień dzisiejszy wyrok jest nieprawomocny.