Odliczeniu w ramach ulgi badawczo-rozwojowej nie będzie podlegać wynagrodzenie za czas choroby i urlopu oraz składki od tych należności z uwagi na fakt, że pracownicy nie będą realizować w tym czasie prac badawczo-rozwojowych – stwierdził WSA w Gdańsku[1]. Tym samym przerwał jednolitą linię orzeczniczą, zgodnie z którą, jeśli pracownik wykonuje czynności związane z działalnością B+R, przychody związane z taką pracą oraz sfinansowane przez płatnika składki, w tym należności za czas urlopu i choroby, stanowią koszt kwalifikowany.

Sprawa dotyczyła spółki zajmującej się tworzeniem oraz modyfikowaniem programów komputerowych. Jej pracownicy prowadzą prace nad każdym oprogramowaniem od podstaw, co obejmuje szereg prac planistycznych oraz deweloperskich. Spółka ponosi koszty wynagrodzenia tych pracowników, obejmujące wynagrodzenia za czas choroby i urlopu, za godziny nadliczbowe, nagrody, dodatki itp. W ocenie spółki, jako że pracownicy realizują działalność B+R, ich wynagrodzenie związane z realizacją tej działalności, również za czas urlopu i choroby, wraz z należnymi składkami może stanowić koszt kwalifikowany i zostać dodatkowo odliczone od podstawy opodatkowania w ramach ulgi B+R.

Dyrektor KIS nie zgodził się ze spółką. Przypomniał, że ustawodawca w treści przepisu dotyczącego uwzględniania należności ze stosunku pracy w kosztach kwalifikowanych odnosi się do czasu pracy przeznaczonego na realizację działalności B+R, a zatem do czasu faktycznie poświęconego na ten cel. Zatem choć wynagrodzenia za czas urlopu i choroby stanowią należności ze stosunku pracy, nie mogą stanowić kosztu kwalifikowanego.

Spółka zaskarżyła interpretację, zarzucając organowi błędną wykładnię przepisów ustawy o CIT w tym zakresie. Sąd jednak potwierdził prawidłowość podejścia organu. Nie zgodził się tym samym, że koszty pracownicze ponoszone na wynagrodzenia programistów, przypadające za okresy usprawiedliwionej nieobecności w pracy, w proporcji, w jakiej stosunek czasu pracy faktycznie poświęconego na działalność B+R pozostaje do ogólnego wymiaru czasu pracy, stanowią koszty kwalifikowane.

Kwestia ta od lat jest przedmiotem sporów między podatnikami, organami podatkowymi i sądami administracyjnymi. Dyrektor KIS wydał szereg negatywnych interpretacji, nakazujących wyodrębnienie z kosztów kwalifikowanych całości wynagrodzenia wraz z należnymi składkami przypadającego na czas uzasadnionej nieobecności pracownika w pracy – dotychczas jednak każdorazowo sądy administracyjne negowały tak radykalne podejście. Przyjmowały bowiem, że proporcję, w jakiej w danym miesiącu czas przeznaczony na realizację działalności B+R pozostaje w relacji do ogólnego czasu pracy pracownika (czyli na etapie kalkulacji proporcji wyłącza się czas uzasadnionej nieobecności w pracy) należy odnieść do wszelkich należności ze stosunku pracy oraz wszystkich składek na ubezpieczenie społeczne sfinansowanych przez pracodawcę, zatem również przypadających na czas uzasadnionej nieobecności w pracy. O dziwo WSA w Gdańsku przyjął odmienne podejście.

Orzeczenie pozostaje nieprawomocne, można się zatem spodziewać dalszego ciągu postępowania przed sądem wyższej instancji. Niewykluczone, że podatnik uzyska korzystne dla siebie orzeczenie, bowiem pozytywne podejście zdążył już potwierdził NSA[2].

[1] Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 18 maja 2021 r., sygn. I SA/Gd 232/21

[2] Wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 5 lutego 2021 r., sygn. II FSK 1038/19 oraz z dnia 3 marca 2021 r., sygn. II FSK 65/21