Jedną ze znaczących zmian w zakresie podatków w 2021 r. było wprowadzenie opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych dochodów spółek komandytowych. Dotychczas dochody osiągane w ramach tych spółek były dochodami wspólników i w przypadku wspólników – osób fizycznych – podlegały PIT. Do końca grudnia 2020 r. wspólnicy spółek komandytowych mogli podjąć uchwałę o przedłużeniu statusu podatnika PIT do 30 kwietnia 2021 r. i większość z nich takie uchwały podjęła. W konsekwencji zmiana sposobu opodatkowania spółek komandytowych następuje najczęściej od 1 maja 2021 r. Pojawia się pytanie, czy zmianę tę, w szczególny sposób, odczują podmioty korzystające ze zwolnienia podatkowego w związku z działalnością na terenie specjalnych stref ekonomicznych (sse) i Polskiej Strefy Inwestycji (PSI)?

Mechanizm przechodzenia zwolnienia ze wspólników na spółkę komandytową jest co do zasady, analogiczny, jak w przypadku przechodzenia obowiązku podatkowego ze wspólników na spółkę w sytuacji, gdy podmioty te nie korzystają ze zwolnienia. Dochody wspólników spółki komandytowej z tytułu jej działalności stają się dochodami z kapitałów pieniężnych i jako takie podlegają stosownemu opodatkowaniu. Natomiast zwolniony od CIT staje się dochód spółki komandytowej uzyskany w związku z działalnością strefową.

Należy zaznaczyć, że nie mamy tu do czynienia z żadną sukcesją praw i obowiązków w zakresie zwolnienia podatkowego, bo uprawnionym do korzystania z zezwolenia na prowadzenie działalności na terenie sse lub decyzji o wsparciu w przypadku PSI, jest spółka komandytowa, niezależnie od tego, czy ze zwolnienia korzystają wspólnicy, czy spółka. Pojawiają się jednak pewne kwestie specyficzne dla podmiotów strefowych.

Po pierwsze powstaje pytanie, czy pula zwolnienia podatkowego wynikająca z wartości wydatków inwestycyjnych poniesionych w czasie, gdy podatnikami byli wspólnicy, przechodzi automatycznie na spółkę komandytową. Brak jest jakichkolwiek regulacji w tym zakresie, ale zasadnym wydaje się uznać, że spółka komandytowa stając się podatnikiem CIT, nabywa prawo do niewykorzystanej puli. Do ponoszenia wydatków, w myśl zezwoleń lub decyzji, zobowiązana jest właśnie spółka komandytowa, zatem ona jest uprawniona do korzystania z tytułu tej puli – kwestia podmiotu faktycznie rozliczającego ulgę podatkową z tego tytułu powinna być traktowana jako wtórna.

Jednocześnie, zmiana „poziomu”, na którym wykorzystywane jest strefowe zwolnienie z opodatkowania może mieć także wpływ na stosowany mechanizm kalkulacji limitu zwolnienia – z uwagi na odmienne terminy składania deklaracji rocznych właściwe dla podatników PIT oraz CIT.  Weryfikacja tej kalkulacji (nazywanej często modelem dyskonta) może być wskazana także z powodów zmieniającej się w ostatnich miesiącach praktyki organów podatkowych, zarówno co do puli nakładów, które mogą być kosztem kwalifikowanym, jak i co do momentu rozpoznania wydatków za taki koszt.

Pojawia się też inne pytanie: czy osobom fizycznym będącym wspólnikami spółki komandytowej działającej na podstawie zezwolenia będzie przysługiwać prawo do tzw. podatku liniowego w stosunku do innej niż strefowa działalności? Obecnie w myśl art. 20 ustawy z 12 listopada 2003 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych i niektórych innych ustaw, opodatkowanie liniowe, przewidziane w art. 30c ustawy o PIT, nie może być łączone z ulgami przewidzianymi w art. 21 ust.1 pkt 63a, czyli zwolnieniem podatkowym z tytułu zezwolenia na działalność na terenie sse (to ograniczenie nie dotyczy podmiotów działających na podstawie decyzji o wsparciu). W sytuacji, kiedy podatnikiem staje się spółka komandytowa, a nie wspólnik, należy uznać, że będzie on miał prawo do korzystania z podatku zryczałtowanego w swojej, innej niż strefowa, działalności (oczywiście po złożeniu właściwego zawiadomienia do urzędu skarbowego – w praktyce będzie to oznaczać rozpoczęcie korzystania z opodatkowania liniowego w następnym roku podatkowym).

Podsumowując, należy uznać, że zwolnienie podatkowe będzie rozliczane na poziomie spółki komandytowej, która zachowa pełne prawo do niewykorzystanej puli ulgi. Dodatkowo, pojawi się możliwość opodatkowania podatkiem liniowym dochodów osób fizycznych będących wspólnikami spółek komandytowych działających na podstawie zezwolenia w zakresie innych niż przychody strefowe.