Ochrona wynikająca z interpretacji indywidualnej powinna być interpretowana szeroko i nie można zgodzić się ze stanowiskiem, że nie obejmuje ona sytuacji, gdy podatnik wystąpił o zwrot podatku VAT. Nie można doprowadzić do sytuacji, gdzie stanowisko wynikające z interpretacji indywidualnej staje się dla podatnika pułapką. Takie wnioski płyną z wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 20 lutego 2018 r., sygn. akt III SA/Wa 1896/17.

Sprawa dotyczyła zwrotu nadwyżki podatku VAT wynikającej z zakupu centrum handlowego i zaklasyfikowaniem tej transakcji jako sprzedaży nieruchomości na gruncie podatku VAT. Zdaniem organów podatkowych transakcja ta stanowiła sprzedaż zorganizowanej części przedsiębiorstwa i nie powinna podlegać opodatkowaniu podatkiem VAT – w związku z czym zwrot VAT był nienależny. Podatnik powołał się na posiadaną interpretację indywidualną, z której wynikało, że transakcja powinna stanowić sprzedaż nieruchomości oraz wystąpił z wnioskiem o określenie kwoty nadpłaty objętej zwolnieniem wynikającym z interpretacji. Zdaniem organów zakres ochrony wynikającej z interpretacji indywidualnej nie obejmuje jednak kwoty odpowiadającej nadwyżce podatku VAT do zwrotu, ponieważ taka sytuacja nie została wskazana wprost w przepisach Ordynacji podatkowej.

Sąd przyznał racje podatnikowi i wskazał, że zakres zasady nieszkodzenia, zgodnie z którą podatnik, który zastosował się do interpretacji nie powinien ponosić z tego tytułu negatywnych konsekwencji, powinien być interpretowany szeroko. W ocenie Sądu, istotą interpretacji indywidualnej jest to, żeby podatnik, który się do niej zastosował był chroniony. Nie może dojść do sytuacji, w której interpretacja staje się dla podatnika pułapką. Jak wskazał Sąd, odmowa przyznania zwrotu podatku VAT podatnikowi, który zastosował się do interpretacji, niewątpliwie wiąże się z negatywnymi konsekwencjami dla tego podatnika i jest objęta ochroną wynikającą z interpretacji indywidualnej.

Sąd pozostawił jednak do ponownego przeanalizowania przez organy podatkowe kwestie dotyczące tego, czy dokonana przez podatnika transakcja odpowiadała opisowi zdarzenia przyszłego przedstawionemu we wniosku oraz czy sama istota transakcji świadczy o tym, że stanowi ona sprzedaż nieruchomości czy zorganizowanej części przedsiębiorstwa.

Powyższy wyrok jest jak dotąd pierwszym rozstrzygnięciem sądu administracyjnego w przedmiocie kwestii objęcia zwrotu VAT ochroną wynikającą z interpretacji indywidualnej. Jest to bardzo istotne, ponieważ organy podatkowe w ciągu kilkunastu miesięcy wielokrotnie odmówiły przyznania ochrony wynikającej z interpretacji indywidualnej w sprawach dotyczących klasyfikacji transakcji nieruchomościowych twierdząc, że ochrona taka nie obejmuje zwrotu nadwyżki podatku VAT oraz dokonały przekwalifikowania takich transakcji na sprzedaż zorganizowanej części przedsiębiorstwa.