W najnowszym wyroku z dnia 25 stycznia 2022 r. (sygn. I FSK 998/18), Naczelny Sąd Administracyjny odniósł się do kwestii sposobu rozliczenia VAT naliczonego z tytułu wydatków inwestycyjnych na budynek, który będzie wykorzystywany na potrzeby działalności zwolnionej i opodatkowanej VAT.

Spółdzielnia mieszkaniowa rozpoczęła budowę 2 piętrowego budynku usługowo-mieszkalnego. Zgodnie z planami biznesowymi, część budynku miała zostać przeznaczona pod lokale usługowe, które służyłyby działalności związanej z wynajmem lokali użytkowych (podlegającej VAT), natomiast pozostała część budynku miała zostać przeznaczona na lokale mieszkalne i być związana z działalnością zwolnioną z VAT. Na gruncie tak opisanego stanu faktycznego, spółdzielnia, w ramach wniosku o wydanie interpretacji podatkowej, skierowała zapytanie w jaki sposób powinna ustalić wysokość odliczenia VAT ujętego na fakturach związanych z inwestycją, w sytuacji, gdy będą one związane zarówno z działalnością opodatkowaną jak i zwolnioną (wydatki wspólne np. na fundamenty czy dach). Spółdzielnia stwierdziła, że jeśli będzie istniała możliwość jednoznacznego przypisania wydatku inwestycyjnego do części budynku związanego z działalnością opodatkowaną VAT, to odliczenie będzie jej przysługiwać w całości. Natomiast w sytuacji, gdy takiej możliwości nie będzie i wydatek będzie dotyczyć całego budynku, spółdzielnia powinna obliczyć proporcję VAT możliwego do odliczenia. Zdaniem spółdzielni, proporcja ta powinna być obliczona na podstawie kryterium powierzchniowego (VAT do odliczenia = powierzchnia użytkowa części budynku związanego z działalnością opodatkowaną / powierzchnia użytkowa całego budynku).

Organ uznał stanowisko spółki za błędne. Stwierdził, iż w przypadku, gdy niemożliwym jest rzetelne wyodrębnienie kwot podatku naliczonego, podatnik powinien zastosować metodę proporcjonalnego rozliczenia VAT opartą o obroty (art. 90 ust. 2 i 3 ustawy o VAT). Dodał też, że powierzchniowy klucz alokacji nie pozwala na miarodajne przyporządkowanie nabytych towarów i usług do działalności opodatkowanej i zwolnionej, i nie ma umocowania na gruncie przepisów. Stanowisko organu poparł również WSA.

W wydanym wyroku NSA oddalił skargę kasacyjną podatnika i zgodził się z podejściem zaprezentowanym przez WSA oraz organ podatkowy. NSA podkreślił, iż klucz alokacji oparty o powierzchnię użytkową ma charakter jedynie szacunkowy, możliwość jego stosowania nie wynika z przepisów prawa, a w konsekwencji nie może być traktowany jako podstawa do kalkulacji VAT naliczonego od wydatków wspólnych, dotyczących obu części budynku podatnika. W tej sytuacji prawidłową metodą będzie proporcja oparta o obroty podatnika.

Komentowany wyrok wpisuje się w ostatnią linię orzeczniczą odmawiającą możliwości stosowania klucza powierzchniowego w odniesieniu do wydatków związanych jednocześnie z działalnością zwolnioną i opodatkowaną VAT. Podobne rozstrzygnięcia padały wcześniej również w wyrokach NSA o sygn. I FSK 996/18, czy I FSK 933/17. Kontynuacja linii orzeczniczej oznacza, iż zastosowanie przez podatników innego podejścia niż proporcji VAT opartej o obroty może być kwestionowane przez władze skarbowe i sądy administracyjne.