Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 21 marca 2019 r., wydanym w sprawie klienta CRIDO, orzekł, że ochrona wynikająca z interpretacji jest niezależna od „wyniku podatkowego” jaki w danym okresie rozliczeniowym osiągnął podatnik i tym samym obejmuje swoim zakresem także prawo do uzyskania zwrotu VAT. Była to pierwsza tego rodzaju sprawa rozpoznawana przez NSA.

Sprawa dotyczyła reklasyfikacji transakcji na rynku nieruchomości komercyjnych. Spółka nabyła budynek biurowy za kwotę sięgającą blisko 500 mln PLN. Spółka i Zbywca uzyskali interpretacje podatkowe, zgodnie z którymi taka transakcja powinna być opodatkowana podatkiem VAT. W związku z tym, Zbywca wystawił fakturę VAT, Spółka zapłaciła VAT wraz z ceną sprzedaży, a Zbywca odprowadził VAT do urzędu skarbowego. Spółka wystąpiła z wnioskiem o zwrot podatku VAT jednak organy podatkowe odmówiły jej zwrotu, stwierdzając, że transakcja stanowiła dostawę zorganizowanej części przedsiębiorstwa, a nie pojedynczego aktywa (nieruchomości) i tym samym nie powinna podlegać opodatkowaniu VAT (dlatego zwrot VAT był nienależny). Natomiast uzyskana interpretacja nie miała zastosowania, ponieważ ochrona z interpretacji obejmuje tylko zwolnienie z zapłaty zaległości podatkowych, a nie prawo do zwrotu VAT.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z dnia 12 czerwca 2018 r. uchylił wydane decyzje i skrytykował wąskie rozumienie ochrony wynikającej z interpretacji podatkowej. Sąd powołał się na zasadę demokratycznego państwa prawa, zasadę zaufania do organów i stwierdził, że takie podejście do interpretacji oznaczałoby, że stosowanie prawa jest pułapką dla podatnika. Od powyższego wyroku skargę kasacyjną wniósł jednak Organ podtrzymując wyrażone wcześniej stanowisko, że moc ochronna interpretacji nie obejmuje swoim zakresem prawa do zwrotu VAT.

Na rozprawie w dniu 21 marca 2019 r. NSA ostatecznie potwierdził stanowisko zaprezentowane wcześniej przez WSA w Warszawie i Spółkę, a w konsekwencji oddalił skargę kasacyjną Organu. W ustnych motywach orzeczenia NSA wskazał m.in., że ochrona wynikająca z interpretacji skutkuje uwolnieniem podatnika od wszelkich negatywnych skutków związanych z zastosowaniem się przez niego do interpretacji wydanej przez organy podatkowe i to niezależnie od tego, czy w danym okresie rozliczeniowym u podatnika wystąpiło zobowiązanie podatkowe, czy też zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym oraz czy zwrot ten faktycznie nastąpił.