W przypadku Ulgi B+R jedną z najbardziej problematycznych kwestii dla podatników jest prawidłowa identyfikacja kosztów kwalifikowanych, które mogą zostać rozliczone w ramach Ulgi B+R. Trzeba przyznać, że setki wydanych interpretacji indywidualnych na ten temat potęgują wrażenie, że prawidłowe stosowanie tej ulgi jest procesem trudnym – tym bardziej, że Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (Dyrektor KIS) w niektórych kwestiach stosuje zawężającą interpretację, która nie ma podstaw w obowiązujących przepisach.

Taką zawężającą interpretację przepisów Dyrektor KIS stosuje m.in. przy interpretacji pojęcia „należności” ze stosunku pracy, które (proporcjonalnie do czasu poświęconego na działalność B+R) mogą stanowić koszty kwalifikowane w ramach Ulgi B+R.

Zgodnie z art. 18d ust. 2 pkt. 1 ustawy o CIT za koszty kwalifikowane do Ulgi B+R uznaje się poniesione w danym miesiącu należności z tytułów wymienionych w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT oraz sfinansowane przez podatnika składki z tytułu tych należności, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności B+R pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Z kolei, przepis art. 12 ust. 1 ustawy o PIT wymienia, w otwartym katalogu, kategorie kosztów osobowych ponoszonych przez pracodawcę, które mogą stanowić przychody z konkretnych tytułów zatrudnienia pracowników, tj.: stosunku służbowego, stosunek pracy, stosunek pracy nakładczej i spółdzielczego stosunku pracy.

Zdaniem Dyrektora KIS pojęcie „należności” oznacza kwoty stanowiące przychody po stronie pracownika pozostającego w stosunku zatrudnienia na bazie ww. tytułów. Nie wynika tak jednak nawet z literalnego brzmienia przepisu (art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT odnosi się do „należności z tytułów”, a nie „przychodów z tytułów”). Podobne wnioski wyciągnął również Naczelny Sąd Administracyjny (NSA) m.in. w wyroku z dnia 13 sierpnia 2020, sygn. II FSK 1169/18 wskazując, że nie należy utożsamiać pojęcia przychodu z pojęciem należności ze stosunku pracy. Dalej wskazał, że w ustawie o CIT zostało zawarte jedynie odesłanie do tytułów, z których przysługują należności, a więc nie do wartości pieniężnych (wynagrodzenia) czy innych rodzajów przychodów, ale właśnie do należności, które wynikają z tytułu stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej itp. W tym wypadku pojęcie „należności” ma znacznie szerszy charakter. Pojęcie to będzie obejmować również przykładowo zwrócone koszty dojazdów pracowników na szkolenie (które mogą nie być zaliczane do przychodów pracownika, jeśli nie stanowią dla niego przysporzenia) – nie stanowią one przychodu pracownika, natomiast stanowią należność ze stosunku pracy.

Podobne stanowisko wielokrotnie zostało już potwierdzone przez wojewódzkie sądy administracyjne (WSA), np. WSA w Olsztynie w wyroku z dnia 18 grudnia 2019 r., sygn. I SA/Ol 692/19, czy WSA w Gliwicach w wyroku z dnia 20 lutego 2020, sygn. I SA/Gl 1323/19. Jak widać jednak argumentacja WSA nie przemawiała do tej pory do Dyrektora KIS, który w dalszym ciągu wydaje negatywne interpretacje indywidualne w tym zakresie (np. interpretacja indywidualna z dnia 27 sierpnia 2020 r., nr 0111-KDIB1-3.4010.211.2020.3.JKT).

Liczymy, że wskazany wyrok NSA (co jest istotnym punktem odniesienia, ponieważ do tej pory NSA rzadko rozstrzygał w zakresie Ulgi B+R) wpłynie na zmianę podejścia Dyrektora KIS. A wiemy, że jest to możliwe, co widać chociażby poprzez rozpoczęcie wydawania pozytywnych interpretacji indywidualnych w zakresie możliwości rozliczenia w ramach Ulgi B+R wynagrodzenia pracowników zajmujących kierownicze/zarządcze stanowiska w projektach B+R (np. interpretacja indywidualna z dnia 19 sierpnia 2020 r., nr 0111-KDIB1-3.4010.264.2020.1.PC; wcześniej Dyrektor KIS odmawiał możliwości uwzględnienia takich wynagrodzeń w Uldze B+R tłumacząc, że pracy takich osób ciężko przypisać badawczo-rozwojowy charakter, a raczej administracyjny).