W wyroku z 16 stycznia 2019 r. (sygn. III SA/Gl 803/18) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach orzekł, iż w związku z tym, że opłaty za korzystanie z miejskich przystanków komunikacyjnych przez przewoźników nie podlegają opodatkowaniu VAT, gmina powinna dokonać obniżenia VAT należnego w deklaracji składanej za miesiąc, w którym otrzyma potwierdzenie odbioru faktur korygujących przez przewoźników, którym wystawiono pierwotne faktury.

Jak wynika z przedstawionego stanu faktycznego jedną z jednostek organizacyjnych gminy, która podlega centralizacji rozliczeń VAT jest Miejski Zarząd Dróg Transportu (dalej: MZDiT), który wykonuje zadania własne gminy.

W związku z wątpliwościami gminy dotyczącymi opodatkowania VAT korzystania z miejskich przystanków komunikacyjnych przez przewoźników, gmina wystąpiła z wnioskiem o indywidualną interpretację w tym zakresie. Jednocześnie  przyjęła ona stanowisko, iż opłaty za korzystanie z przystanków nie podlegają VAT. Organ podatkowy uznał stanowisko gminy za nieprawidłowe, wskazując przy tym, że opłaty te podlegają opodatkowaniu VAT według podstawowej stawki, tj. 23%. Zgodził się z nim Wojewódzki Sąd Administracyjny w wyroku z 2012 r., jednak ostatecznie w 2017 r. Naczelny Sąd Administracyjny uchylił wcześniejszy wyrok WSA i interpretację indywidualną potwierdzając stanowisko gminy, iż korzystanie z miejskich przystanków komunikacyjnych nie podlega opodatkowaniu VAT.

Niemniej do czasu wydania orzeczenia NSA w tej sprawie, gmina stosując się do wydanego wyroku przez WSA traktowała korzystanie przez przewoźników z przystanków jako podlegające opodatkowaniu VAT, a w konsekwencji odliczała podatek naliczony od wydatków związanych z zagospodarowaniem tychże przystanków.

Zgodnie jednak z wyrokiem NSA wskazującym, iż korzystanie z miejskich przystanków komunikacyjnych nie podlega opodatkowaniu VAT, gmina planuje dokonać korekt rozliczeń VAT za okresy, w których stosownie do wyroku WSA, traktowała  opłaty te jako podlegające opodatkowaniu VAT. Wskazana korekta dotyczyć ma zarówno obniżenia podatku należnego związanego z pobieranymi opłatami, jak również zwrotu podatku naliczonego wynikającego z dokonanych zakupów.

W związku z tym, gmina powzięła wątpliwość w jaki sposób powinna dokonać obniżenia podatku należnego. Stanęła ona na stanowisku, iż korekta tego podatku powinna zostać wykazana w deklaracji VAT za okresy rozliczeniowe, w których podatek od opłat został pierwotnie ujęty przez MZDiT. Wskazała przy tym na brak przesłanek wskazujących konieczność obniżenia VAT należnego w deklaracji za okres, w którym MZDiT otrzyma potwierdzenie odbioru faktur korygujących przez usługobiorcę. Gmina podkreśliła również, że korekta zarówno podatku należnego, jak i naliczonego powinna zostać rozliczone w tym samym okresie z uwagi na fakt, iż obydwie wynikają z uchylenia interpretacji indywidualnej przez NSA.

Organ podatkowy uznał stanowisko gminy za nieprawidłowe, wskazując, iż gmina powinna dokonać korekty VAT należnego w deklaracji za okres, w którym MZDiT otrzyma potwierdzenie odbioru faktury korygującej przez przewoźników.

Gmina zaskarżyła wydaną interpretację indywidualną składając skargę do WSA w Gliwicach. Ten jednak oddalił skargę i przychylił się do stanowiska organu powołując się na art. 29a ust. 13 i 14 ustawy o VAT wskazując przy tym, iż jego wykładnia nie bez przyczyny warunkuje rozliczenie korekty podatku należnego od otrzymania potwierdzenia faktury korygującej przez kontrahenta. W przeciwnym razie kontrahenci rozliczając korektę podatku naliczonego wstecz byliby zobowiązani do zapłaty odsetek, co niewątpliwie byłoby dla nich nieuzasadnione.

W konsekwencji Gmina nie zdołała osiągnąć zamierzonego celu, tj. potwierdzić, że korekta VAT należnego i naliczonego nie będzie wiązała się z koniecznością zapłaty odsetek.

Niniejszy wyrok WSA w Gliwicach jest nieprawomocny.