Trwający przez lata spór o możliwość zaliczenia do kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi badawczo-rozwojowej (dalej: „ulga B+R”) wynagrodzeń pracowników za czas usprawiedliwionej nieobecności w pracy np. z powodu choroby lub urlopu dobiegł końca. 21 lutego 2024 r. Minister Finansów opublikował w tym zakresie korzystną dla podatników interpretację ogólną (sygn. DD8.8203.1.2021).

Do tej pory Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: „Dyrektor KIS”) prezentował wyłącznie negatywne stanowisko, twierdząc we wszystkich interpretacjach indywidualnych dotyczących tej kwestii, że do zastosowania odliczeń, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (dalej: „ustawa o PIT”) oraz art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej: „ustawa o CIT”), konieczne jest faktyczne wykonywanie przez pracownika zadań badawczo-rozwojowych (dalej: „zadania B+R”), a wynagrodzenie za czas choroby lub urlopu dotyczy okresu, w którym zadania B+R nie są wykonywane.

Z taką interpretacją przepisów nie zgadzały się sądy administracyjne, które konsekwentnie orzekały, że czas usprawiedliwionej nieobecności pracownika jest ściśle związany z ogólnym stosunkiem pracy, a co za tym idzie, wynagrodzenie za ten czas nie powinno być wyłączone z kosztów kwalifikowanych ulgi B+R (jest bowiem należnością ze stosunku pracy i w odpowiedniej proporcji, w jakiej pracownik wykonuje zadania B+R, powinno być rozliczone w uldze B+R). Warto wspomnieć, że kilkukrotnie do sprawy odnosił się również sam Naczelny Sąd Administracyjny (dalej: „NSA”) m.in. w wyroku z dnia 29 września 2023 r. (sygn. II FSK 272/21), wyroku z dnia 14 grudnia 2022 r. (sygn. II FSK 1204/20), wyroku z dnia 11 października 2022 r. (sygn. II FSK 364/20) czy wyroku z dnia 11 stycznia 2022 r. (sygn. II FSK 1247/21).

Kalkulacja kwot wynagrodzenia pracowników do ulgi B+R powinna przebiegać dwuetapowo. W pierwszej kolejności powinno się ustalić zaangażowanie pracownika w zadania B+R, a następnie, ustalić jaka część „należności ze stosunku pracy” może podlegać rozliczeniu w uldze B+R.

Ustalenie zaangażowania pracownika w zadania B+R możliwego do rozliczenia w uldze B+R ściśle tyczy się do stosunku godzin poświęconych na zadania B+R odnoszonych do tzw. „ogólnego czasu pracy pracownika” w danym miesiącu. Zarówno sądy administracyjne w wydawanych wyrokach, jak i Minister Finansów w przedmiotowej interpretacji, zauważyli że zwrot „ogólny czas pracy" pracownika zastosowany w przepisie art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT oraz odpowiednio art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT należy odnieść do art. 128 § 1 Kodeksu pracy (dalej: „k.p.”) stanowiącego, że czasem pracy jest czas, w którym pracownik pozostaje w dyspozycji pracodawcy w zakładzie pracy lub w innym miejscu wyznaczonym do wykonywania pracy. W tym kontekście Minister Finansów odniósł się też do bardzo interesującego wyroku Sądu Najwyższego z dnia 24 września 2020 r. (sygn. III PK 38/19), w którym wskazano, iż: „z definicji zawartej w art. 128 § 1 k.p. można wyodrębnić dwa elementy czasu pracy. Pierwszy z nich to pozostawanie w dyspozycji pracodawcy, a drugi to obecność w zakładzie pracy lub w innym miejscu wyznaczonym do wykonywania pracy. Oba te składniki, co do zasady, powinny wystąpić łącznie, aby można było stwierdzić, że dany okres jest uznawany za czas pracy. Zasadniczo, pozostawanie pracownika w dyspozycji pracodawcy oznacza pełną jego zdolność psychofizyczną i „gotowość do wykonywania pracy oraz poleceń kierownictwa pracy, zgodnie z zasadą podporządkowania” (zob. K. Rączka [w:] Kodeks pracy. Komentarz, (red.) Z. Salwa, Warszawa 2000, s. 412).”

Z kolei ustalenie części należności ze stosunku pracy jakie mogą być rozliczone w uldze B+R odnosi się do określenia składników wynagrodzenia dotyczących czasu zatrudnienia pracownika. Czas urlopu jak i czas zwolnienia chorobowego, za które przysługuje wynagrodzenie chorobowe, mimo że nie jest bezpośrednim czasem wykonywania pracy, jest czasem zatrudnienia pracownika, za który przysługują mu należności wynikające z zatrudnienia (jak za czas wykonywania pracy; co wprost wynika z art. 80 k.p. w zw. z art. 92 k.p. i 172 k.p.), a na pracodawcy ciążą obowiązki związane m.in. z wypłatą wynagrodzenia i odprowadzaniem składek ZUS z tytułu takiej wypłaty. Zarówno sądy administracyjne w wydawanych wyrokach, jak i Minister Finansów w przedmiotowej interpretacji jednoznacznie stwierdzały, że wynagrodzenia za czas urlopu i choroby stanowią należność ze stosunku pracy, o której mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT i mogą stanowić koszt kwalifikowany w ramach ulgi zgodnie z art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT oraz odpowiednio art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT. Pojęcie "należności", użyte w przytoczonych wyżej artykułach, jest pojęciem szerszym od pojęcia "przychodów" i nie można tych pojęć ze sobą utożsamiać. Przy ustalaniu kosztów kwalifikowanych nie jest istotne, czy dane świadczenie stanowi przychód pracownika w rozumieniu ustawy o PIT, a jedynie to, czy dane świadczenie jest należnością pracownika z tytułów określonych w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, czyli m.in. należnością ze stosunku pracy.

Zatem faktyczny czas pracy pracownika ma znaczenie dopiero przy obliczaniu proporcji czasu przeznaczonego na działalność badawczo-rozwojową w ogólnym czasie pracy.

Oczywiście Minister Finansów na marginesie zaznaczył, że odliczenie tego typu kosztów jest możliwe przy zachowaniu wszystkich pozostałych wymogów nakładanych na podatników poprzez treść art. 26e ustawy o PIT i odpowiednio art. 18d ustawy o CIT dotyczących m.in. określenia, czy przedmiotowy koszt stanowi koszt uzyskania przychodu właściwego roku podatkowego oraz ustalenia zaangażowania pracownika w realizację działalności badawczo-rozwojowej.

Na przedmiotową interpretacje ogólną czekało wielu podatników. Spory z Dyrektorem KIS na przestrzeni lat były w tym zakresie absurdalne i narażały wielu podatników na niepotrzebne koszty procesowe (Dyrektor KIS praktycznie nigdy nie poprzestał na pozytywnych wyrokach wojewódzkich sądów administracyjnych i skarżył je do NSA). Teraz podatnicy mogą mieć pewność, że ich rozliczenia ulgi B+R obejmujące wynagrodzenia pracowników za czas usprawiedliwionej nieobecności są prawidłowe i nie zostaną zakwestionowane przez urzędy skarbowe.

Zobacz film: Koszty wdrażania KSeF a ulga b+r

Zapraszamy na film, w którym ekspertka CRIDO wyjaśnia kwestie związane z kosztami wdrażania KSeF a ulgą B+R.