Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 14 maja 2019 r., sygn. I FSK 309/17 orzekł, że dotacje wypłacane przez gminę zakładom budżetowym nie stanowią elementu podstawy opodatkowania VAT zakładu budżetowego, gdyż nie jest on odrębnym od gminy podatnikiem.

Zawisła przed sądem administracyjnym sprawa wynikała z postępowania interpretacyjnego. Z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej wystąpił Zakład Gospodarki Komunalnej, będący jednostką organizacyjną gminy działającą w formie zakładu budżetowego. Przedmiotem działalności Zakładu jest zaspokojenie potrzeb mieszkańców gminy w zakresie m.in. zaopatrzenia w wodę, kanalizację, usuwania i oczyszczania ścieków. Zakład otrzymuje od gminy dotacje (i) pozostające poza opodatkowaniem VAT, a także (ii) związane z działalnością gospodarczą, tj. przedmiotową do ceny odnoszącej się do odbioru ścieków oraz celową – na budowę sieci wodociągowej oraz kanalizacji sanitarnej. W związku z otrzymywanymi dotacjami, Zakład powziął wątpliwości, czy ich kwota powinna zostać uwzględniona w kalkulacji prewspółczynnika. Jednocześnie wskazał, że wykorzystując metodę alokacji bezpośredniej dokonuje odliczenia VAT naliczonego w pełnej wysokości od zakupów wykorzystywanych wyłącznie do działalności opodatkowanej VAT. Określając własne stanowisko, mówiące że otrzymywane dofinansowanie nie powinno być włączane w kalkulacji prewspółczynnika, Zakład powoływał się na bezpośredni oraz pośredni związek pozyskanych kwot pieniężnych z prowadzoną działalnością gospodarczą.

Co prawda organ podatkowy zgodził się z powyższym stanowiskiem Zakładu co do braku konieczności uwzględniania dotacji w wyliczeniu prewspółczynnika, jednakże swoją ocenę oparł o zgoła odmienne argumenty, uznając zdanie Zakładu za nieprawidłowe. Fiskus stwierdził bowiem, że cel zadań do realizacji których utworzony został Zakład i w związku z którymi przekazywane są kwoty dotacji przemawiają, iż między Zakładem a gminą występują świadczenia wzajemne. Otrzymane środki pieniężne w formie dotacji pokrywają wartość czynności, które Zakład realizuje na rzecz gminy, w konsekwencji czego zwalnia ją w istocie z określonych prawem obowiązków/zadań publicznych, jakie powinna realizować względem mieszkańców. Tym samym, w ocenie organu podatkowego otrzymana dotacja stanowi w istocie wynagrodzenie, podlegające opodatkowaniu na gruncie ustawy o VAT.

Zakład, nie godząc się z zaprezentowaną w interpretacji indywidualnej argumentacją organu podatkowego, zaskarżył ją do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach, który przyznał mu rację. WSA w swoim orzeczeniu przywołał wyrok TSUE z dnia 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 (Gmina Wrocław) oraz uchwałę składu 7 sędziów NSA z dnia 26 października 2015 r. (sygn. I FPS 4/15) przypominając, że Zakład nie jest i nie powinien być traktowany jako odrębny – od jednostki samorządu terytorialnego, przez którą został utworzony – podatnik VAT. Przekazanie dotacji zostało więc zrealizowane w ramach struktury wewnętrznej tego samego podatnika, zatem nie mogło dojść do świadczenia usług na gruncie ustawy o VAT. WSA podkreślił błędną ocenę organu, jakoby udzielona dotacja stanowiła wynagrodzenie za świadczone usługi.

Organ podatkowy, uparcie broniąc swojego stanowiska wniósł na powyższy wyrok WSA skargę kasacyjną do NSA, który po rozpoznaniu sprawy ostatecznie przyznał rację Zakładowi. NSA wskazał, że nawet przed przeprowadzeniem centralizacji Zakład i gmina powinny być traktowane jako jeden podatnik. Zakład nie ma własnej podmiotowości prawnej i nie jest odrębnym podatnikiem VAT, w związku z czym przyjęcie, że Zakład świadczy usługi na rzecz gminy, za które dostaje wynagrodzenie w formie dotacji jest błędem. W rzeczywistości bowiem, to gmina przy wykorzystaniu niesamodzielnej jednostki – Zakładu, świadczy przypisywane Zakładowi przez organ podatkowy usługi. Ostatecznie NSA, aprobując stanowisko wyrażone przez WSA stwierdził, że dotacja nie jest składową podstawy opodatkowania Zakładu, gdyż nie jest on samodzielnym podatnikiem VAT.

Podsumowując należy stwierdzić, że działania zakładu budżetowego realizowane dzięki dotacjom stanowią – zgodnie z ustawą o VAT – przejaw działalności gminy i nie są opodatkowane ze względu na brak odrębnej podmiotowości. Rozliczenia gminy i zakładów budżetowych są wewnętrznymi rozliczeniami, niepodlegającymi opodatkowaniu VAT. Niemniej jednak, w przypadku dotacji obserwowana jest silna tendencja organów podatkowych, chcących opodatkować tego rodzaju strumienie pieniężne, do wytrwałych prób identyfikacji elementów wskazujących na świadczenie usług, co w konsekwencji oznacza konieczność włączenia kwot dotacji do podstawy opodatkowania VAT. Sprawy tego rodzaju swój finał najczęściej mają w sądach administracyjnych, które w zdecydowanej większości przypadków, patrzą na rozstrzygane zagadnienia szerzej, poddając analizie warunki, wskazujące czy w danym przypadku dotacja może zostać powiązana z realizacją usług. Jeśli więc, jednostka samorządu terytorialnego udziela dotacji/dofinansowań swoim jednostkom organizacyjnym i chce uchronić się przed restrykcyjnym podejściem fiskusa może rozważyć zabezpieczenie swojej pozycji podatkowej w drodze interpretacji indywidualnej, licząc się jednak z koniecznością potwierdzenia swojego zdania dopiero na sali sądowej WSA lub NSA.