Co do zasady, podatnikom przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów (WNT) za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy. Jednakże od 1 stycznia 2017 r., to uprawnienie uległo znacznemu obostrzeniu z uwagi na czasowe ograniczenie przez ustawodawcę prawa do odliczenia.

Obecnie, podatnicy mają prawo rozliczyć podatek naliczony i należny wynikający z transakcji WNT w tej samej deklaracji, pod warunkiem, że w ciągu 3 miesięcy od upływu miesiąca, w którym w odniesieniu do zakupionych towarów powstał obowiązek podatkowy:

  • otrzymali fakturę dokumentującą WNT oraz
  • rozliczyli podatek należny we właściwej deklaracji VAT.

Oznacza to, że przekraczając trzymiesięczny termin na rozliczenie VAT z tytułu WNT, podatnicy są zobowiązani, do wykazania podatku należnego w okresie powstania obowiązku podatkowego (tj. wstecznie), a podatku VAT naliczonego w bieżącym rozliczeniu (na bieżąco). Skutkuje to, co do zasady powstaniem zaległości podatkowej i koniecznością zapłaty odsetek.

Warto zauważyć, że pojawiają się już wyroki, w myśl których polskie przepisy w omawianym zakresie są niezgodne z Dyrektywą VAT - przykład wyrok WSA w Krakowie z dnia z 29 września 2017 r., sygn. akt I SA/Kr 709/17. Orzeczenie zapadło w odniesieniu do skargi podatnika na wydaną przez organy podatkowe interpretację indywidualną, w której podatnik zapytał czy będzie mógł (na skutek złożonej korekty właściwej deklaracji VAT) odliczyć podatek naliczony m.in. z tytułu WNT w tym samym okresie rozliczeniowym, w którym wykazany został podatek należny, nawet jeżeli taka korekta zostanie złożona później niż w terminie 3 miesięcy. W odpowiedzi organ podatkowy stwierdził, że podatek naliczony należy wykazać na bieżąco a podatek należny „wstecznie” tj. w okresie, w którym miała miejsce transakcja.

Sąd podzielił natomiast stanowisko podatnika, stwierdzając że nowe przepisy stoją w sprzeczności z zasadą neutralności. Prawo do odliczenia naliczonego podatku VAT powstaje w razie spełnienia przesłanek materialnych, nawet jeśli podatnicy nie spełnili niektórych wymagań formalnych. Wykazanie podatku naliczonego w terminie trzech miesięcy od upływu miesiąca, w którym w odniesieniu do nabytych towarów i usług upłynął obowiązek podatkowy stanowi warunek formalny, a nie materialny. Dodatkowo sąd wskazał, że przepisy naruszają też inną podstawową zasadę systemu, mianowicie zasadę proporcjonalności. Brak jest bowiem proporcji pomiędzy celem, jakim jest terminowe i rzetelne wypełnianie obowiązków podatkowych, a nakładaną sankcją.

WSA w swoich rozważaniach zwrócił uwagę, na orzecznictwo TSUE m.in. w sprawie C-518/14 (Senatex), gdzie unijny trybunał wskazał, że państwa członkowskie mogą wprowadzać sankcje za naruszenie wymogów formalnych. Niemniej jednak dopuszcza się takie działania tylko pod warunkiem, że ustanawiane przepisy nie będą naruszać zasad proporcjonalności i neutralności. Nie należy karać podatników odsunięciem w czasie prawa do odliczenia i odsetkami z powodu niezachowania warunków formalnych, jeżeli materialnoprawne przesłanki odliczenia zostały spełnione.

W tym kontekście warto zwrócić uwagę na inny wyrok TSUE – w sprawie C‑590/13 (Idexx Laboratories), w którym przedmiotem dyskusji było prawo podatnika do odliczenia VAT wynikającego z WNT. W wyroku tym TSUE stwierdził, że podstawowa zasada neutralności podatku VAT wymaga odliczenia podatku naliczonego, jeżeli spełnione są wymogi podstawowe, nawet jeśli podatnik nie spełnił określonych wymogów formalnych polegających na zaraportowaniu i rozliczeniu WNT.

Dyrektywa VAT przewiduje dwa podstawowe warunki warunkujące prawo do odliczenia podatku naliczonego w odniesieniu do WNT, mianowicie:

  • wymagalność podatku VAT oraz
  • związek nabytych towarów z czynnościami opodatkowanymi.

Zdaniem TSUE, państwa członkowskie UE mogą wprowadzać warunki formalne wykonywania prawa do odliczenia lecz brak ich spełnienia nie może skutkować pozbawieniem podatnika prawa do odliczenia VAT naliczonego.

W kontekście powyższego niewątpliwie pozytywnie należy ocenić wyrok WSA w Krakowie jako pewnego rodzaju jaskółkę, która jednakże wiosny jeszcze nie czyni, bowiem wyrok ten nie jest prawomocny, a ponadto jest jednym z pierwszych, który dotyczy omawianej materii. Podatnicy dokonujący tego typu transakcji powinni zatem zarówno obserwować kierunek orzecznictwa krajowego jak również zastanowić się nad wystąpieniem w tym zakresie z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej, jak to miało miejsce w przypadku sprawy z wyroku w Krakowie.