Najwyższa Izba Kontroli zakończyła pierwsze kontrole dotyczące centralizacji VAT w jednostkach samorządu terytorialnego. Wnioski płynące z kontroli – często – nie są zbyt optymistyczne dla samorządów.  

Czy centralizacja przebiegła prawidłowo?

Centralizacji rozliczeń VAT to szeroko zakrojony proces, który stanowił nie lada wyzwanie dla JST. Zapoczątkowało go stanowisko TSUE, który w wyrok w sprawie gminy Wrocław[1] orzekł, że jednostki i zakłady budżetowe nie są odrębnymi podatnikami VAT od gminy. Spowodowało to konieczność takiego ukształtowania ich dotychczasowych rozliczeń, aby były one traktowane jako czynności samej JST. Samorządy w oparciu o zapisy specustawy centralizacyjnej[2], wyjaśnienia MF, a często także przy wsparciu wyspecjalizowanych firm doradczych walczyły z czasem i licznymi zawiłościami, aby sprostać postawionym im przez ustawodawcę wymaganiom.

Ich działaniom w tym zakresie postanowiła przyjrzeć się NIK. Zgodnie z jej planem pracy na 2019 rok, powoli kończą się kontrole, które miały na celu sprawdzenie przebiegu procesu centralizacji VAT w jednostkach samorządu terytorialnego. Obecnie, kontrolą objęte były jedynie wybrane samorządy. Możliwe, że w kolejnych okresach prace NIK będą rozszerzone również na inne JST.

Przebieg kontroli

W ramach prowadzonego przez NIK postępowania kontrolnego, organy wykonawcze JST są obowiązane m.in. do przedkładania na żądanie wszelkich niezbędnych dokumentów i wyjaśnień. Zwieńczeniem kontroli jest wydanie wystąpienia pokontrolnego, w którym znajduje się ocena działalności kontrolowanej jednostki wraz ze wskazaniem na zaobserwowane przez kontrolujących nieprawidłowości oraz wnioski w sprawie ich usunięcia. Po otrzymaniu takiego wystąpienia, jednostka może zgłosić odpowiednio umotywowane zastrzeżenia w terminie 21 dni.

Po otrzymaniu zastrzeżeń, NIK może zmienić poszczególne zapisy wystąpienia pokontrolnego lub wydać uchwałę, w której podtrzyma swoje stanowisko. W takim przypadku, JST nie przysługuje już odwołanie. Jednocześnie, ma ona obowiązek poinformowania organ kontrolujący o działaniach zmierzających do wyeliminowania wskazanych nieprawidłowości.

Podczas kontroli NIK weryfikuje – w szczególności – wszelkie dokumenty wewnętrzne dotyczące rozliczeń VAT (m.in. procedury, instrukcje czy zarządzenia). Obszarem szczególnego zainteresowania ze strony kontrolerów były kwestie związane z odliczeniami VAT oraz kalkulacją współczynnika i prewspółczynnika.

Co dalej?

Warto pamiętać, że ustawa o NIK[3] nie przewiduje negatywnych konsekwencji związanych z niezastosowaniem się do zastrzeżeń wynikających z kontroli. Jednakże, nie można wykluczyć, że może to spowodować wszczęcie innej kontroli na podstawie odrębnych przepisów.

Z punktu widzenia VAT, stanowisko prezentowane przez NIK podczas pierwszych kontroli nie powinno w znaczący sposób wpłynąć na sposób dokonywania rozliczeń przez JST. Niemniej jednak, samorządy powinny zweryfikować wewnętrzną dokumentację i pochylić się nad kwalifikacją poszczególnych czynności dla celów VAT a także kwestią odliczania VAT.

Kluczowe w przygotowaniu się do takiej kontroli jest odpowiednie sprawdzenie funkcjonujących w jednostce procesów wewnętrznych w zakresie VAT.

Wykorzystując doświadczenie CRIDO w realizacji projektów podatkowych dla samorządów, chętnie wesprzemy Państwa w weryfikacji / opracowaniu optymalnego modelu rozliczeń VAT.

[1] Wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 29 września 2015 r., sygn. C-276/14.

[2] Ustawa z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego

[3] Ustawa z dnia 23 grudnia 1994 r. o Najwyższej Izbie Kontroli, Dz. U. z 2019 r. poz. 489 z późn. zm.