Zwolnienie infrastruktury kolejowej z podatku od nieruchomości w kształcie obowiązującym w latach 2017-2021 stwarzało szereg problemów interpretacyjnych, które przełożyły się na liczne spory pomiędzy podatnikami a organami podatkowymi.

(Dalsza część artykułu pod materiałem wideo)

Zobacz film: Sporne środy. Jak odzyskać nadpłacony podatek?

Dowiedz się, jak odzyskać nadpłacony podatek. Eksperci CRIDO omawiają definicję nadpłaty, procedurę, terminy, korekty i najczęstsze błędy podatników.

Tylko częściowo zostały one rozwiązane wyrokiem TSUE z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23. Po wyroku Trybunału osią sporów stała się powierzchnia gruntów, co do której można stosować zwolnienie podatkowe. Z jednej bowiem strony regulacja obowiązująca w latach 2017-2021 odsyłała do przepisów o transporcie kolejowym, zgodnie z którymi elementem infrastruktury kolejowej są grunty rozumiane jako całe działki ewidencyjne. Tym samym cała powierzchnia działki, na której znajduje się infrastruktura kolejowa podlegała zwolnieniu.

Jednak w praktyce takie podejście mogło prowadzić do sytuacji, w których zwolnieniu podlegałaby powierzchnia całej działki w jedynie niewielkim stopniu zajętej na infrastrukturę kolejową (np. w przypadku działki, na której znajduje się tylko fragment torów i cały zakład produkcyjny).

Właśnie na kanwie takiego stanu faktycznego składowi siedmiu sędziów NSA przedstawione zostało zagadnienie prawne będące przedmiotem uchwały. W oparciu o służebność przesyłu przez fragment działki podatnika przebiegały kable będące częścią infrastruktury kolejowej innego podmiotu. Pozostała część działki, stanowiąca większość jej powierzchni, nie była jednak wykorzystywana na działalność związaną z transportem kolejowym.

Pytanie zadane składowi siedmiu sędziów NSA brzmiało: „czy sformułowanie ustawowe zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (tj. Dz. U. z 2017 r., poz. 1785 ze zm.), zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017–2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia cały obszar tych gruntów, czy też ich część, która została faktycznie zajęta pod infrastrukturę kolejową?”.

Rozstrzygnięcie NSA

Rozstrzygając ten problem NSA w podjętej uchwale (sygn. III FPS 3/25) stwierdził, że w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017-2021 r. zwolnieniu z podatku od nieruchomości podlega jedynie obszar działek ewidencyjnych faktycznie zajęty pod infrastrukturę kolejową.

Jak wynika z motywów ustnych rozstrzygnięcia NSA wziął pod uwagę, że to grunty, a nie działki ewidencyjne, stanowią przedmiot opodatkowania podatkiem od nieruchomości. Regulacji ustawy podatkowej nie należy w związku z tym przełamywać odwołując się do definicji zawartej w ustawie pozapodatkowej (w tym przypadku do Załącznika 1 ustawy o transporcie kolejowym).

NSA wskazał również, że w świetle art. 107 TFUE oraz wyroku TSUE w sprawie C-453/23, zwolnienie gruntów, na których nie jest realizowany preferowany cel podatkowy zwolnienia przewidzianego dla infrastruktury kolejowej, może grozić zakłóceniem konkurencji w rozumieniu przepisów o pomocy publicznej. W ocenie NSA objęcie zwolnieniem z podatku od nieruchomości całej działki ewidencyjnej w przypadku, w którym na części jej powierzchni prowadzona jest działalność inna niż związana z transportem kolejowym może stawiać w uprzywilejowanej pozycji przedsiębiorcę, do którego ta działka należy.

Warto również zwrócić uwagę, że w uzasadnieniu ustnym dostrzeżony został problem wydzielenia obszaru, który można uznać za faktycznie zajęty pod infrastrukturę kolejową. W tym zakresie NSA stwierdził, że zwolnienie obejmuje zarówno część działki zajętą bezpośrednio przez budynki i budowle będące elementami infrastruktury kolejowej, jak i obszar konieczny do obsługi tych obiektów.

Konsekwencje uchwały

Uchwała NSA będzie miała bezpośredni wpływ na toczące się nadal postępowania podatkowe i sądowoadministracyjne dotyczące zwolnienia gruntów stanowiących infrastrukturę kolejową w latach 2017-2021. Nadpłaty, o które wnioskowali podatnicy opierając się na dotychczasowym orzecznictwie ulegną zmniejszeniu, w wielu przypadkach bardzo istotnemu.

Organy podatkowe mogą również wszcząć nowe postępowania podatkowe w celu weryfikacji jeszcze nieprzedawnionych rozliczeń za 2021 r., pod warunkiem, że wcześniej nie stwierdziły nadpłaty w decyzji.