Od kilku lat przed sądami administracyjnymi toczą się spory co do opodatkowania VAT dotacji otrzymywanych w ramach projektów Europejskiego Centrum Innowacji Cyfrowych (EDIH). Projekty te mają na celu wsparcie mikro, małych i średnich przedsiębiorców w transformacji technologicznej, a ich realizacja została ze względów organizacyjnych podzielona na pakiety robocze, których tylko część obejmuje wykonywanie świadczeń na rzecz rekrutowanych przedsiębiorców. Dotacje te jednak, udzielane są na realizację projektu, jako całości.

(Dalsza część artykułu pod materiałem wideo)

Zobacz nagranie: Co przynosi KSeF 2.0? Znamy przepisy!

Okładka webinarium CRIDO: KSeF 2.0 – nowe przepisy, obowiązki i harmonogram wdrożenia

Webinar CRIDO poświęcony najnowszemu projektowi przepisów o KSeF. Eksperci omawiają harmonogram zmian, nowe obowiązki dla firm, konsekwencje dla opóźnionych wdrożeń oraz praktyczne aspekty stosowania KSeF w kontekście ERP, faktur B2C i załączników.

Dyrektor KIS w kolejnych wydawanych interpretacjach wskazuje, że ta część dotacji, która dotyczy pakietów roboczych polegających na wykonywaniu świadczeń na rzecz przedsiębiorców, powinna być opodatkowana VAT. Dotacja jednak udzielana jest na cały projekt, a nie na poszczególne jego części. Dodatkowo, wydzielenie pakietów roboczych ma znaczenie wyłącznie organizacyjne, a przypisany danemu pakietowi roboczemu budżet jest jedynie szacunkowy. 

Stanowisko Dyrektora KIS jest kwestionowane przez wojewódzkie sądy administracyjne – ich orzecznictwo wskazuje na kształtowanie się linii orzeczniczej, potwierdzającej brak opodatkowania VAT całości dotacji związanych z EDIH. 

W ostatnim wyroku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie 9 kwietnia br., po raz kolejny orzekł korzystnie dla podatników (III SA/Wa 2909/24) – i potwierdził, że dotacje uzyskane na realizację EDIH nie mogą stanowić podstawy opodatkowania VAT, o czym przesądził kosztowy charakter dotacji (to, że pokrywa ona wydatki na realizację projektu) oraz brak wpływu na cenę świadczeń (które niezależnie od liczby zrealizowanych świadczeń czy wysokości otrzymanej dotacji pozostają bezpłatne).  

Dyrektor KIS pozostaje przy stanowisku negatywnym wobec podatników – zarówno poprzez wydawanie kolejnych interpretacji indywidualnych, jak i poprzez składanie skarg kasacyjnych od pozytywnych orzeczeń sądów administracyjnych. Oznacza to, że spory co opodatkowania VAT dotacji związanych z EDIH będą musiały zostać najprawdopodobniej rozstrzygnięte przez Naczelny Sąd Administracyjny. To z kolei oznacza znaczne wydłużenie niepewności prawnej po stronie realizujących projekt. 

Co istotne, sprawy te dotyczą dofinansowania udzielanego ze środków publicznych na realizację projektów istotnych dla polskiej gospodarki. Zatem również po stronie organów państwa, w tym również organów podatkowych, powinna istnieć chęć jak najszybszego rozstrzygnięcia kwestii, która ma istotne znaczenie dla wzmacniania konkurencyjności polskiej gospodarki.  

Praktyka pokazuje jednak, że publikowane do tej pory wyjaśnienia przez Ministra Finansów, czy Komisję Europejską, co do skutków podatkowych konkretnych dotacji nie w pełni zabezpieczają uczestników wielu programów przed sporami z organami podatkowymi.  

W przypadku EDIH, wydaje się, że pewność co do opodatkowania lub braku opodatkowania dotacji nastąpi dopiero w rezultacie rozstrzygnięcia sprawy przez Naczelny Sąd Administracyjny – choć efektywniejszym rozwiązaniem mogłoby być wydanie przez Ministra Finansów interpretacji ogólnej lub objaśnień podatkowych. Co więcej, praktyka organów podatkowych dowodzi, że pożądane byłoby, aby Minister Finansów działanie takie podejmował każdorazowo wobec do dużych programów dotacyjnych – każdy bowiem z nich, z dużym prawdopodobieństwem, może rodzić w przyszłości spory z organami podatkowymi.

Zapraszamy także na nasze webinary: kalendarz wydarzeń

Webinar: Sporne środy – dawka praktycznej wiedzy o relacjach z organami podatkowymi w pigułce

Zapoznaj się z pełną ofertą: Postępowania podatkowe i spory sądowe