Od  wprowadzenia tzw. Polskiego Ładu kwestia neutralności podatkowych kolejnych restrukturyzacji i budziła wiele wątpliwości. Zgodnie z przepisami wprowadzonymi w ramach tzw. Polskiego Ładu, neutralność podatkowa przysługuje wyłącznie pierwszej restrukturyzacji, np. pierwszej wymianie udziałów, pierwszemu połączeniu lub podziałowi spółek. Każda kolejna transakcja tego typu wiąże się już z powstaniem przychodu podatkowego, o ile udziały w podmiocie przejmowanym lub dzielonym zostały nabyte w wyniku wcześniejszych restrukturyzacji. Takie zasady przewidują art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a ustawy o CIT i art. 24 ust. 8db pkt 1 ustawy o PIT.

Ministerstwo Finansów i organy podatkowe od początku twierdziły, że takie rozwiązanie jest zgodne z dyrektywą 2009/133/WE, która przewiduje neutralność podatkową restrukturyzacji transgranicznych w UE, powołując się w szczególności na art. 8 ust. 6 tej dyrektywy.

Sądy nie zgadzają się z fiskusem

Stanowisko organów podatkowych jest jednak  kwestionowane w orzecznictwie sądów administracyjnych. W najnowszym wyroku, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie z 5 czerwca 2025 r. sygn. III SA/Wa 513/25 po raz kolejny potwierdził, że polskie przepisy przewidujące opodatkowanie drugiej i kolejnych restrukturyzacji — takich jak wymiana udziałów, łączenia czy podziały spółek — są sprzeczne z unijną dyrektywą 2009/133/WE. Wyrok ten wpisuje się w korzystną dla podatników linię orzeczniczą sądów administracyjnych – wcześniej podobnie wypowiedziały się m.in. WSA w Gliwicach (wyrok z 28 kwietnia 2023 r., sygn. I SA/Gl 14/23), WSA w Olsztynie (wyrok z 28 czerwca 2023 r., sygn. I SA/Ol 118/23) oraz WSA w Warszawie (wyrok z 21 listopada 2023 r., sygn. III SA/Wa 1657/23).

W ustnych motywach rozstrzygnięcia (pełne uzasadnienie nie jest dostępne na moment publikacji wpisu) WSA w Warszawie stwierdził, że polskie przepisy wprowadzające opodatkowanie drugiej i kolejnych restrukturyzacji są sprzeczne z celem i treścią dyrektywy 2009/133/WE, a w szczególności z jej art. 8 ust. 1 i ust. 6. W ocenie Sądu art. 8 ust. 6 Dyrektywy potwierdza zasadę odroczenia opodatkowania zysków po stronie udziałowców lub akcjonariuszy, do czasu ich realizacji, natomiast nie ogranicza neutralności w zależności od ilości dokonywanych restrukturyzacji. Oznacza to, że omawiane przepisy nie przewidują całkowitej neutralności podatkowej — opodatkowanie ma miejsce, ale dopiero w momencie sprzedaży udziałów, a nie już na etapie samych czynności restrukturyzacyjnych.

Co więcej wywodzone przez organy podatkowe ograniczenie zgodnie z którym tylko pierwsza restrukturyzacja jest neutralna podatkowo, natomiast każda kolejna wiąże się z obowiązkiem zapłaty podatku w ocenie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie — jest niezgodne z literalnym brzmieniem oraz celowościową oraz systemową wykładnią przepisów unijnych, które zostały zaimplementowane do polskiej ustawy o CIT. W szczególności dotyczy to art. 8 Dyrektywy 2009/133/WE, który nie przewiduje żadnego ograniczenia w zakresie liczby restrukturyzacji warunkującego zachowanie neutralności podatkowej takich transakcji jak połączenia, podział lub wymiana udziałów.

Niejednolite podejście wojewódzkich sądów administracyjnych

Warto zauważyć, że  WSA w Warszawie samodzielnie dokonał tzw. prounijnej wykładni art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a ustawy o CIT, pomijając ten przepis w zakresie, w jakim jest on sprzeczny z Dyrektywą 2009/133/WE i rozstrzygnął sprawę merytorycznie.

Innymi słowy, WSA w Warszawie uznał, że zarówno przepisy prawa unijnego, jak i dotychczasowe orzecznictwo TSUE oraz krajowych sądów administracyjnych — dają wystarczające podstawy do samodzielnego rozstrzygnięcia sporu. Choć orzecznictwo w tym zakresie jest coraz bogatsze to należy docenić odwagę w WSA w Warszawie w podjęciu słusznej decyzji, bez oczekiwania na wyrok TSUE.

Warto przy tym zauważyć, że podejście sądów administracyjnych w tej sprawie nie jest jednolite. Zaledwie 3 dni wcześniej w innej sprawie interpretacyjnej dotyczącej tego samego zagadnienia, WSA w Gliwicach, podzielając wątpliwości co do zgodności polskich regulacji z prawem unijnym, w sprawie o sygn. I SA/Gl 34/25, skierował pytanie prejudycjalnego do TSUE o to „Czy art. 8 ust. 2 i ust. 6 Dyrektywy 2009/133/WE w sprawie wspólnego systemu opodatkowania mającego zastosowanie w przypadku łączenia, podziałów, podziałów przez wydzielenie, wnoszenia aktywów i wymiany udziałów dotyczących spółek różnych państw członkowskich oraz przeniesienia statutowej siedziby SE lub SCE z jednego państwa członkowskiego do innego państwa członkowskiego (Dz.U.UE.L.2009.310.34) w zw. z art. 63 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana z 2012 roku - Dz. Urz. U.E. z dnia 26 października 2012 roku Nr C 326 s. 1 i nast.) należy interpretować w ten sposób, że sprzeciwia się on przepisom krajowym, takim jak w postępowaniu głównym, które uzależniają neutralność podatkową przydziału papierów wartościowych reprezentujących kapitał spółki przejmującej dla udziałowca spółki przekazującej od tego, że udziały w podmiocie przejmowanym lub dzielonym nie zostały wcześniej nabyte lub objęte w wyniku wymiany udziałów albo przydzielone w wyniku innego łączenia lub podziału podmiotów?”.

Znaczenie praktyczne

Wyrok WSA w Warszawie oraz wcześniejsze orzeczenia pokazują, że podatnicy, którzy decydują się na restrukturyzację, nie powinni automatycznie godzić się z niekorzystnym stanowiskiem fiskusa w zakresie opodatkowania drugiej i kolejnej restrukturyzacji. Istnieją mocne podstawy, aby bronić się przed taką wykładnią, powołując się na prawo unijne oraz kształtujące się orzecznictwo sądów administracyjnych.

Choć teoretycznie ostateczne rozstrzygnięcie tej kwestii przyniesie dopiero wyrok TSUE wynikający z pytania prejudycjalnego zadanego przez WSA w Gliwicach, to praktyka pokazuje, że spór może zostać rozstrzygnięty już na poziomie krajowych sądów administracyjnych. Może to znacząco przyspieszyć proces rozpatrywania takich spraw i dać podatnikom narzędzia do skutecznej obrony swoich praw. Jednocześnie należy pamiętać, że wydanie wyroku TSUE powinno przyczynić się do zmiany przepisów krajowych, co pozwoli jednoznacznie wyeliminować istniejące wątpliwości w zakresie neutralności podatkowej kolejnych restrukturyzacji.

Zapoznaj się z pełną ofertą: Postępowania podatkowe i spory sądowe