Ulga podatkowa związana z działalnością badawczo-rozwojową przedsiębiorstw obowiązuje w polskim porządku prawnym od 2016 r. Początkowo nie była bardzo atrakcyjnym instrumentem i nie wzbudzała dużego zainteresowania przedsiębiorstw. Dopiero gdy zaczęto podnosić poziom odliczeń (pierwszy raz w 2017 roku i ponownie w 2018) zyskała istotnie na popularności. Szczególnie 2018 okazał się atrakcyjny, gdyż przedsiębiorcy, którzy w tym właśnie roku ponieśli koszty na realizację prac B+R, mogli je podwoić w kalkulacji swojego wyniku, co pozwalało zaoszczędzić 19% (od kwoty wydanej na B+R i kwalifikowanej do Ulgi B+R) niezapłaconego CITu. Wraz ze wzrostem popularności tego instrumentu wzrosła jednak także aktywność organów skarbowych, które rozpoczęły na szeroką skalę procesy weryfikacyjne. Przedsiębiorcy, którzy w zeznaniu podatkowym za 2018 rok uwzględnili Ulgę na B+R zaczęli otrzymywać dwa typy pism z Urzędów Skarbowych.  Z jednej strony są to rutynowe zawiadomienia o wszczęciu czynności sprawdzających, do których polscy przedsiębiorcy są przyzwyczajeni. Z drugiej strony zaczęły pojawiać się pisma o nieco odrębnym charakterze – zawiadomienia te nie stanowią wszczęcia czynności sprawdzających, a jedynie pewną informacją ze strony Organu Skarbowego i jednocześnie prośbę o informację zwrotną. W tego typu piśmie fiskus wskazuje, jakie błędy najczęściej popełniają firmy korzystające z Ulgi B+R. Przykładowo są to nieprawidłowości klasyfikowaniu kosztów jako badawczo-rozwojowych, w prowadzeniu wyodrębnionej ewidencji kosztów, czy też błędne dokumentowanie projektów B+R. W dalszej części pisma Organ prosi podatnika, by jeszcze raz sprawdził, czy w swoim rozliczeniu podatkowym nie popełnił któregoś z typowych błędów, a następnie by poinformował administrację skarbową o wyniku takiej samokontroli. Na koniec fiskus przypomina, że jeśli przy sporządzaniu deklaracji podatkowej faktycznie popełniono jakiś błąd, który skutkował niewłaściwym określeniem wysokości należnego podatku dochodowego, to podatnik ma prawo do poprawy tegoż błędu poprzez złożenie korekty deklaracji i uiszczenie ewentualnej należności publicznoprawnej. Fiskus podkreśla też, że tylko ten podatnik, który złożył prawnie skuteczną korektę i uiścił należność nie podlega karze za przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe. Takie pisma są nowym zjawiskiem i budzą one uzasadniony niepokój przedsiębiorców. Nie wiadomo bowiem, czy należy je interpretować jako troskę ze strony fiskusa o prawidłowe rozliczenie czy raczej ostrzeżenie przed zbyt śmiałym wykorzystywaniem Ulgi B+R. W praktyce pismo o takim charakterze nie nakłada na przedsiębiorcę żadnych obowiązków, w szczególności nie zobowiązuje ich do odpowiedzi. Niemniej jednak firmy chcą zachować poprawne relacje z administracją skarbową i rozważają udzielenie wyjaśnień. Część z nich zastanawia się jednak co stanie się w sytuacji, w której przedsiębiorca (po zweryfikowaniu własnej dokumentacji) potwierdzi Urzędowi Skarbowemu prawidłowość w zakresie wysokości zobowiązania podatkowego, lecz później, w toku właściwej kontroli skarbowej, Urząd zakwestionuje przyjęte założenia lub uwzględnione koszty badawczo-rozwojowe. Czy w takiej sytuacji odpowiedź podatnika i deklaracja prawidłowości rozliczeń nie obróci się przeciw podatnikowi? Pytanie pozostaje otwarte. Podsumowując należy podkreślić, że nieco martwiące jest, że Urząd Skarbowy w ogóle musi wysyłać do podatników pisma o takim charakterze. Ulga B+R miała być jednym z ważniejszych programów wsparcia przedsiębiorców, zachęcającym ich do rozpoczynania i rozwijania działalności B+R. Jest to też instrument, do korzystania z którego zachęcali przedstawiciele polskiego rządu. Jako taka powinna ona być możliwie przejrzysta, uporządkowana, prosta do zastosowania i jak najmniej niepewna. W szczególności zaś ewentualna niepewność jej wykorzystania nie powinna być przerzucana na podatnika.